Поставьте трекер времени (просто время, без активности и скриншотов, для себя же только надо) и будьте честным сами с собой - включайте/выключайте только когда действительно работаете :)
Если в конкретной программе надо считать, то общего решения не знаю, но в отдельных IDE встречаются плагины. Например, в продуктах от jetbrains есть -
https://www.jetbrains.com/help/idea/2016.1/time-tr...