Потому что может там уже кто-то другой внес изменения, сделал push и получится что я своим push затру его изменения?
Нет, затереть можно только командой push с ключом -f, если у вас есть права на редактирование истории. При обычной команде push сервер не примет ваши коммиты в ветку, если те коммиты, что сейчас находятся на сервере, не являются родительскими к вашим. Иными словами, ваши коммиты и коммиты, которые сейчас на сервере, должны быть связаны отношением родитель-потомок.
1) При индексации файла, мне индексировать только те что я менял?
Если под индексацией вы понимаете staging area, то конечно только то, что вы изменяли (а также удалили/добавили). Суть staging area - подготовка содержимого коммита.
как все таки будет происходить мое подключение к команде, для меня заведут логин и пароль для проекта, выдадут права на чтение и запись, а дальше все как обычно?
Коротко - да. Подробно - у того, к занимается этим в компании.
я так понимаю что и будут основные вещи сконфигурированы или все таки нет?
Вам дадут логин/пароль или дадут логин и попросят сгенерить пару публичный/приватный ключ, и публичный вы должны будете передать администратору для связывания с вашим аккаунтом. git config поможет вам проставить корпоративные email и имя, под которыми вы должны будете делать коммиты в общую репу - это всё тоже можно уточнить у адмистратора.
И еще, после git pull нужно ли делать git commit?
Сейчас ваш вопрос сродни "нужно ли завтракать после того как почистил зубы?". Т.е. хоть и указанные действия конечно часто выполняются вместе друг с другом, они совершенно разные и ими достигаются разные цели. Поэтому рекомендация 1: поизучайте git еще, если вы такое спрашиваете, вы вообще еще ничего в нём не понимаете. Или задайте конкретный вопрос, если что-то конкретно осталось непонятным.
И да, вы думаете, что вас уволят, если вы это все спросите у админа/тимлида? Я так не думаю, тем более раз вы - верстальщик. Рекомендация 2: перестать паниковать.