Ничего не понятно :)
Если я правильно улавливаю суть, на странице остался дефолтный запрос, но кроме него используется еще и вторичный запрос (WP_Query), и вы хотите чтобы пагинация была по вторичному запросу, а не главному?
Тогда да, вы делаете неправильно. Пагинация привязана к основному запросу. Вам его надо менять через хук pre_get_posts, вместо того, чтобы вторичный запрос создавать. Если же страница такова, что вторичный запрос для другого типа контента неизбежен, то в нем нужно запрашивать как раз вторичный контент, который не требует пагинации.
Уточните вопрос и покажите код, тогда легче будет помочь.