Установлена Ubuntu 14.04.3.
Сегодня обнаружил, что поменяли пароли на всех пользователей и установили пароль на root (root был заблокирован).
Я, конечно, у root пароль убрал, у остальных пользователей пароль поменял.
Физического доступа к машине кроме меня ни у кого нет.
Устанавливал программы только из репозитория (кроме VirtualBox, который с оф.сайта).
Пользовался новейшей Opera с блокировщиками рекламы.
Что делать дальше?
Система скомпрометирована, доверия ей - ноль. Переустановливать! И пересмотреть политику безопасности. Если машина напрямую подключена к инету, первое, что сделать - это настрйоить iptables, fail2ban.
Однако, всё чуть более, чем странно. Следуйте простейшим правилам сетевой гигиены и будет счастье.
Не похоже на серъезный взлом - при нем обычно злоумышленник не орет о себе во всеуслышание, меняя пароли, а старается остаться незаметным. Похоже на какую-нибудь програмную ошибку, либо школьное хулиганство.
Проверьте, возможно это какой-то программный глюк, если же точно нет, то следуйте советам oldbro.