"Эталонный" код отличается от неэталонного тем, что в течение своей жизни, при исправлениях и внедрении каких-либо новых функций, претерпевает минимум изменений, и эти изменения локальны - то есть правится не по 1 строчке в 10 разных местах, а 5-10 строчек в одном месте.

Поэтому вашим другом в поисках должна стать история изменений в системе контроля версий, соответственно, искать эталонный код надо в местах, где эта история есть, на github и bitbucket. Хорошими критериями для первоначального отбора будут популярность, длительное время жизни проекта, небольшой объем (чтобы разбираться легче было).

То, что вы написали тоже, конечно, имеет значение, но так абстрактно не рассудишь. Вот мне, к примеру, не нравится когда html мешают c js. Но с другой стороны на подобном подходе построен react.js, в котором этим пожертвовали в угоду идее компонентно-ориентированного подхода. И, по слухам, получилось неплохо.

Предполагается, что идет по-умолчанию. Писать на рельсах на чистом SQL, приходится в редких случаях, и вообще в некоторых проектах необязательно. Но без понимания принципов работы СУБД (что является неким синонимом "знаю SQL") разработчик не будет осознавать, что он делает.