А это зависит от того, под управлением чего у вас звуковая подсистема (что в свою очередь зависит от того, что там у вас за Linux ;-) ).
Аудио у вас может быть под управлением OSS (очень старая, но отдельные извращенцы используют), ALSA и аудиосервера PulseAudio.
Если у вас работает PulseAudio, то проблем с решением вашего вопроса не должно быть.
См. про настройки в
Skype и микрофоны - там про микрофоны, но у вас будет что-то подобное.