Пока что я пользуюсь таким решением. в окне правила и оповещения есть пункт - применить правила, кликаем на него нажимаем выделить всё, автоматом выделяется 500 почтовых ящиков, Выбираем выполнить в папке, далее важное нажимаем выполнить, за одну секунду всё что прорвалось в важное отправляется на свои места. Такой же трюк можно провернуть и для папки входящее если первоначальные фильтры плохо сработали. Но как правило они работают идеально и проблемы возникают только с папкой важное.