Вариантов несколько:
1) Перенастроить все пакеты командой ниже. Но это займет много времени и будут задаваться вопросы, как при установке.
dpkg-reconfigure -a
2) Заново поставить систему!
3) Ставить систему на btrfs например, при этом создать снапшот сразу после установки. При нужде - откатиться на снапшот.
4) Сделать слепок системы в образ (tar --one-filesystem -czf ) и его накатывать, когда нужно.
Ну и еще масса вариантов, например с AUFS, LVM, KVM и прочими...
А если более точно знать, зачем оно нужно, то может и ответ будет совсем иным..