2) В виде 2 столбцов (1 для ID пользователя и 1 для ID вида фрукта), и множества строк. Каждая строка будет означать наличие фрукта определённого вида.
Этот вариант гибче.
Первый вариант позволит очень эффективно разом выбирать данные обо всех фруктах пользователя, но при добавлении нового типа фруктов нужно будет править таблицу. А разницы в скорости работы этих вариантов вы, скорее всего, не заметите.
Поэтому, второй вариант предпочтительнее.
P.S. Оказывается, я невнимательно прочитал второй вариант. Конечно, его нужно заменить на то, что предлагает
27cm.