Проверьте сначала, для Вас ли заблочен сайт или для всех. Попробуйте сделать это на одном из сайтов:
downforeveryoneorjustme.com
cameleo.ru
Затем стоит проверить систему различными сканерами руткитов и антивирусами:
chkrootkit
rootcheck
rkhunter
clamav
посмотреть открытые порты в системе, есть ли они:
netstat -anltp | grep "LISTEN"
Еще я как-то писал свой баш скриптик, который позволяет делать мониторинг уровня б, следить за портами, новыми юзерами, новыми пакетами:
https://github.com/ADMINICANA/ubuntu-server-daily-...
Хорошо бы просто посмотреть трафик, сделав tcpdump, какая активность идет, если ее быть не должно - насторожиться. Посмотреть разные логи, history юзеров.