Встал в ступор, когда задал себе этот вопрос. Полез на википедию и встретил там взаимоисключающие параграфы. (Я говорю про русскую вики). Там указано, что матрица инцидентности может применяться к любым графам, даже если на них есть петли. Но при этом сказано, что каждый столбец должен иметь либо две 1, либо 1 и -1. Что исключает наличие петель.