Если мне не изменяет память, то ЭЦП является аналогом подписи и не равносильна по-умолчанию. Для того, чтобы документ подписанный ЭЦП имел юридическую силу, должен быть двусторонний договор между организациями, заключенный «классическим» образом, в котором прямо прописывается, что обе организации доверяют документам подписанный ЭЦП, либо обе организации могут присоединиться к публичному договору. В целом, данный вопрос регулируется
Федеральным законом РФ от 10.01.2002 №1-ФЗ «Об электронной цифровой подписи»,
160 статьей ГК РФ и парой других.
На сколько мне известно, были успешные практики в делах связанных с представлением налоговой отчетности в электронном виде, но подробностей не знаю. В связи с тем, что многие спец.операторы начинают внедрять электронный документооборот между предприятиями, в том числе счета-фактуры, думаю суды уже морально готовы к таким делам.