1 - почти нет, особенно если не установлен mpm-itk (то бишь все сайты работают от пользователя www-data).
2 - действительно, у isp неплохая защита пользователей друг от друга на уровне прав. Если её нарушать не будете (менять права на каталоги в /var/www/user/data (и на сами эти каталоги), отключать basedir) - то всё будет хорошо. Ну если рутом не зайдут.
Вообще минусов на практике нет, кроме разве что неудобства работы с кучей логинов-паролей (но это уже зависит от количества сайтов).
Ну и самое главное правило хорошего тона - не давать веб-серверу прав на запись туда, куда ему писать при обычной работе не нужно. Например, если веб-сервер работает от пользователя www-data, придерживаться прав 755 (на каталоги), 644 на файлы, и 777/666 там, куда серверу нужно писать.