не нужно оперировать с секторами диска
алгоритм примерно такой для ext2/ext3/ext4
смотрите размер блока файловой системы
# dumpe2fs /dev/md1 | grep 'Block size'
сканируете badblocks, указав размер блока вместо block_size с выхлопом в файл списка битых блоков
# badblocks -b block_size -o /tmp/bad.log /dev/md1
смотрите в /tmp/bad.log
если немного нашлось и хочется посмотреть какие файлы побиты
# debugfs
debugfs 1.42.12 (29-Aug-2014)
debugfs: open /dev/md1
debugfs: testb 24864
Block 24864 not in use -- этот блок не используется никаким файлом
debugfs: testb 24865
Block 24865 marked in use -- а этот юзается. смотрим какой inode он принадлежит
debugfs: icheck 24865
Block Inode number
24865 32901
debugfs: ncheck 32901
Inode Pathname
32901 /grub/i386-pc/gcry_des.mod
пометить битые блоки в файловой системе
# e2fsck -l /tmp/bad.log /dev/md1