Во-первых, по определению, разность фаз определяется для сигналов одной частоты.
Во-вторых, можно рассмотреть само понятие фазы. Оно показывает сколько частей периода колебания прошло от момента, который мы считаем нулевым. При разной частоте разные периоды. Итого у вас получаются две численные характеристики разные по масштабу. По сути, фазы и были введены, чтобы уйти от конкретики частот и периодов и описывать колебательные процессы абстрактно, нормированно.
В-третьих, я что-то не могу представить, где бы это понадобилось? Хотя возможно у меня проблемы с фантазией или/и эрудицией.