Для защиты каждого входа ЛА можно поставить последовательный резистор 1–10 кОм и два внешних диода Schottky: один к питанию 3,3 В, второй к земле. Резистор ограничит ток при ошибочном подключении или КЗ, а диоды защитят вход STM32 от перенапряжения и отрицательного напряжения. Для работы на высокой частоте лучше использовать резистор 1–2,2 кОм.