Почитайте про шифрование разделов LUKS и монтирование через SSHFS (например
тут и
тут) На gentoo создаете физический раздел или lvm или контейнер. Конкретные примеры вам не посоветую, делал давновато, сейчас нет такой необходимости.
Но все было именно так:
Выделил себе раздел с LVM, зашифровал его.
Подключал шифрованный раздел через монтирование sshfs вводил ключ
Далее сгодится любой инструмент на вашей стороне.
У меня трудился еще scp (не был знаком с rsync - сейчас конечно без него никуда)
Можете делать или полный бэкап, или синхронизацию, или архивы, как напишите.
Можно еще пробовать создавать шифрованный контейнер и монтировать его если нет возможности делать разделы.