Нужно скачать на сервере 1с предприятия IFilter explorer и посмотреть, есть ли что-то для pdf. если нет - то установить Adobe PDF iFilter или другой, например PDFlib TET PDF IFilter. после этого файлы, скорее всего, надо перезаписать, чтобы регламентное задание (или кнопка извлечения вручную) сработали