Управлять сервером через GUI - достаточно бессмысленная затея (банально нет удобных программ для подобного.... эээ... онанизма).
Есть пачка разных web-панелей под разные задачи.
Если же вопрос звучит как "запускать на удаленной виртуалке с линуксом графические приложения" (а-ля браузер, скайп и прочее), то x2go (
https://debian.pro/1618)