1) по входу в систему:
можно создать "filename.desktop" файл в директории ~/.config/autostart
с примерно следующим содержанием
[Desktop Entry]
Type=Application
Name=<Название приложения>
Exec=<команда для выполнения>
Icon=<путь до иконки>
Comment=<некий коментарий>
X-GNOME-Autostart-enabled=true
2) по старту системы: прописать вызов в /etc/rc.local