У аррдуин на USB порту по питанию стоит диод шоттки, для того чтобы при отсутствии внешнего питания на ардуине получать его от USB, внешнее питание на ардуино можно подать двумя способами: стабилизированные 5В через пин 5V попадут сразу в контроллер или 7-12В через пин VIN или разъем БП будут преобразованы в 5В встроенным стабилизатором. Ардуино при наличии внешнего питания будет в первую очередь питаться от него, а уже потом от USB.