Urukhayy: Надо сравнивать письмо до до подписания, после подписания, но до отправки и пришедшее на сервер получателя. За самим OpenDKIM'ом вроде глюков не замечал.
Можно отключить DKIM, отправить письмо из клиента, посмотреть содержимое полей, посмотреть это же письмо у получателя, сравнить поля и содержимое в исходном виде письма (Ctrl+U в Thunderbird, например).