Имхо, вполне нормально контролировать время. У нас прогеры воспринимают всё корректно.
Ранее, когда работали с sysaid, написали программу на java, которая по хоткею выскакивала, прогеры вводили номер задачи, когда заканчивали работу над ней и брали новую - вводили номер новой задачи, время по предыдущей автоматически высчитывалось. Программа коннектилась в sysaid, получала всю инфу о задаче, заявителях и тд. Потом обычный sql запрос и у нас классный отчет, кто чем занимался. По данным этого отчета можно было делать что угодно. В программе были доп статусы (совещание, обед и тд), можно было так же получить инфу, сколько в месяц мы совещались))
Сейчас работаем с jira, там есть кнопка начать работу и закончить у каждой задачи. Как то пока что не удобно, да и отчеты не удобные.
В целом, исходя из 2 лет опыты - я за свое самописное решение, которое максимально пойдет для вас. Главное не перегибать палку.