Что мешает использовать отдельный репозиторий для конфигов с ветками для продакшна и других, а подключать в основной репозиторий с помощью git submodule? Конечно, это будет удобно, если вы уже не используете submodule, тогда нужно быть более аккуратным при запуске git submodule update
.