Я делаю так: в git-репозитории хранится конфиг для разработчиков или пустой конфиг. Конфиг для продакшена хранится вне git на сервере. При деплое просто делается симлинк.

эм,

git remote add origin YOUR_PRIVATE_REPO
git remote add public GITHUB_REPO

git push -u origin — закомитить в приватный репозиторий и сделать его дефолтным
git push public — закомитить на гитхаб