Сообщение на витрине «категории нет в наличии» означает, что у текущего магазина (отображаемого на витрине) многомагазинной системы Magento отсутствуют товарные разделы.
Из того, что в административной части есть какие-то товарные разделы, не следует, что эти товарные разделы привязаны к текущему магазину.
Чтобы привязать товарные разделы к конкретному магазину, надо обязательно сделать их подразделами корневого раздела данного магазина.
Корневой раздел, в свою очередь, должен быть привязан к данному магазину в административном разделе управления магазинами (в Российской сборке Magento это делается в разделе «Система» → «Магазины»).