Желательно использовать ООП.
При использовании ООП можно сначала нарисовать схемы - так называемые диаграммы UML — в них обычно написано что какой класс делает и нарисовано как он связан с другими.
Сначала рисуете диаграммки что с чем как связано и потом пишете код.
Выглядит примерно так:
pvti.ru/data/image/pages/webkurs/p3_9.gif
На данных диаграммах в первой строчке - название класса, во втором блоке - названия переменных, в третьем блоке - названия методов(функций). Стрелочки показывают как классы взаимодейтсвуют между собой, кто от кого наследуется и кто какие методы вызывает и т.д.
В целом для получения общей картины очень удобно использовать диаграммы, чтобы не забыть что где как устроено если программа большая. Во многих IDE есть возможность получить полное дерево классов.