Посмотрел по phpinfo где php.ini лежит, зашёл, скачал, поменял max_execution_time с 300 до 1000, залил обратно. Запускаю тяжёлый скрипт через браузер, через 5 минут работы 504 Gateway Time-out.
Почему 5 минут не пойму? 1000 секунд это значит 16 минут он должен работать? Куда копать для исправления? Ещё другие php.ini искать и там менять?
а тут уже может сам ваш браузер в случае ожидания больше n-минут сам посылает повторный запрос или еще что .... может прокси не держит такие "долгие" запросы ..... может следует найти способ обойтись без 15 минутного ожидания в браузере?
может сделать так, обращаемся по странице / cron, запускается скрипт .... и после его выполнение результаты будут ложится в любой файл, содержимого которого вы и будете получать?
Попробуйте поменять таймауты в обратную сторону, чтобы убедится что вы то что нужно меняете.
Обычно конфигов php.ini несколько, для cli/fpm/apache etc, вы точно в нужном поменяли ?