В зависимости от наличия специалистов. Это абсолютно доминирующий критерий.
Если же для вас по какой то причине это не проблема то выбор стоит делать между фрей и линуксом, которые в принципе равнозначны и тут уже нужно смотреть для чего вам этот кластер будет нужен.
Лично я бы выбрал Дебиан. Ну или ЦентоОС, если Дебиана в вариантах нет. Просто потому, что я линукс знаю намного лучше, чем фрю, а в дебиане мне комфортней. Хех. Разницы принципиальной нет, тем более для хостинга. Апач и там и там одинаковый… Производительность при нормальной настройке — тоже. ipfw фряшный как по мне удобней чем iptables, но это одноразовая процедура настройки и она не существенна. Под фрю постоянно морока с железом, но опять же в случае с кластером это не важно.