Скорее всего, виндовый загрузчик не может найти свою конфигурацию. Так как ты уже запускал систему после клонирования, то твоему текущему диску присвоился новый ID, а загрузчик ищет конфигурацию на старом.
Загрузись с установочного диска/флешки, нажми Shift+F10 и выполни bootrec /rebuildbcd. Обычно этого достаточно.
Если не помогло, то создай новый BCD вручную с помощью BootICE (понадобится какой-нибудь Live на базе WinPE). В том же BootICE можно проверить, есть ли UEFI-запись для Windows Boot Manager и добавить/исправить её при необходимости.