Я в качестве первой ФС брал FAT16. Она очень простая и поддерживается практически всеми современными системами. Гугли "Microsoft FAT Specification", - это PDF на 37 страниц, подробный, последовательный, с примерами кода.
Используй INT 13h для доступа к накопителю. Напиши свою утилиту format. Если отформатированный твоей утилитой накопитель распознает сторонняя система, то ты на правильном пути :)
Дальше пишешь функции для чтения, записи и удаления файлов в FAT - это тоже будут обёртки над INT 13h: прочитал сектор(а) в буфер, модифицировал, записал.