Скорее всего, виндовый загрузчик не может найти свою конфигурацию. Так как ты уже запускал систему после клонирования, то твоему текущему диску присвоился новый ID, а загрузчик ищет конфигурацию на старом.
Загрузись с установочного диска/флешки, нажми Shift+F10 и выполни bootrec /rebuildbcd. Обычно этого достаточно.
Если не помогло, то создай новый BCD вручную с помощью BootICE (понадобится какой-нибудь Live на базе WinPE). В том же BootICE можно проверить, есть ли UEFI-запись для Windows Boot Manager и добавить/исправить её при необходимости.

Я в качестве первой ФС брал FAT16. Она очень простая и поддерживается практически всеми современными системами. Гугли "Microsoft FAT Specification", - это PDF на 37 страниц, подробный, последовательный, с примерами кода.
Используй INT 13h для доступа к накопителю. Напиши свою утилиту format. Если отформатированный твоей утилитой накопитель распознает сторонняя система, то ты на правильном пути :)
Дальше пишешь функции для чтения, записи и удаления файлов в FAT - это тоже будут обёртки над INT 13h: прочитал сектор(а) в буфер, модифицировал, записал.