Вы можете закрыть в robots все .php файлы:
Disallow: *.php
Но делать это следует только в том случае, если у вас нет никаких .php страниц, которые должны быть в индексе.
Можно ещё сделать с помощью .htaccess редирект со всех name.php на name (т.е. редирект с урлом с расширением на урл без расширения). Это легко гуглится.