Всё зависит от того, насколько близок к идеалу этот ваш конденсатор, т.е. насколько малы его паразитные параметры (омическое сопротивление изоляции между обкладками, индуктивность и т.д.). На практике эта идеальность в реальных конденсаторах соблюдается, но с двумя оговорками.
Во-первых, с учётом точности применяемых измерительных приборов. В вашем случае измеряется омическое сопротивление обмоток - единицы и десятки ом. Сопротивление изоляции между обкладками исправного конденсатора - никак не меньше единиц мегом (а чаще - десятки, можете лично убедиться), и обычный 4...5-разрядный мультиметр такой добавки к десяткам ом даже не заметит - она много ниже его ошибки измерения. Так что меряйте спокойно. Однако если в вашем моторе обмотки не имеют между собой электрического контакта, и вы хотите померить не их сопротивление, а именно сопротивление изоляции между ними - вот тут вклад конденсатора может оказаться существенным, и для точного измерения его надо отсоединять.
Во-вторых, с учётом условий применения. Если рабочая частота не 50...100 герц, а сильно повыше, то паразитными индуктивностями пренебречь уже не получится, они создадут заметную ошибку.