Нужно получить список всех файлов с одинаковым размером. Чтобы потом уже вручную удалить дупликаты.
Вы можете в несколько кликов искать и удалять дубликаты файлов, используя GUI-утилиту под названием
FSlint. Находит не просто совпадение размера, а именно совпадение и размера, и содержимого. Имена файлов при этом могут быть разные. Просто добавляете несколько папок, по которым нужно искать дубликаты, потом среди найденных выделяете те, которые хотите удалить и удаляете. Т.е. вручную можно выбирать в какой из папок файл оставить, а в какой удалить. Можно все дубликаты оставить, можно все удалить (!).
Утилита имеет и другие функции для поиска разных корявостей и неоптимальностей в папках (имена с "плохими" символами, пустые папки и т.д.)
Есть ещё утилита командной строки
fdupes, которая тоже ищет дубликаты.