Вы изменили какие-то файлы этого "софта". Нужно проверить каждое изменение, ненужные откатить, нужные скопировать в другое место, а потом тоже откатить внутри репозитория. После того, как изменений не останется, вы сможете сделать pull и, проанализировав изменения в проекте, внести обратно свои правки.