Что за перекрытие? В смысле, маленькие прямоугольники должны пересекаться немного? Маленькие прямоугольники фиксированного размера? Их можно поворачивать?
Уменьшаем «немного» маленькие прямоугольники.
Получаем обычную задачу замощения по ссылке выше.
После её решения увеличиваем прямоугольники получившегося замощения обратно в оригинальный размер.