Нужно понять, какие задачи решаются многофайлами Ёкселя и создать систему, в которой эти данные естественным порядком лежат в базе, а работа с ними идет через веб-интерфейс, обеспечивающий рабочий процесс и разделение доступа.
Но это не столько технический, сколько организационный вопрос. Нет волшебного инструмента, который позволит просто нажать кнопочку и все сконвертировать.
P.S. А конкретно по дизайну - есть Bootstrap, например, избавляющий пишущего CRM от необходимости быть дизайнером. Вообще не проблема.