Смотря каково применение вашего приложения. Если оно нужно пользователю само по себе и безальтернативно (например, это управление каким-то оборудованием), то можно написать кроссплатформенный GUI на Питоне. Если в каждой из систем оно должно конкурировать с другими приложениями, то надо писать два нативных варианта, потому что стандарты GUI с точки зрения user experience в разных системах разные, и приложение, выполненное в концепции пользовательского интерфейса macOS, будет в Windows смотреться чужеродно, и наоборот. А тем более кроссплатформенное приложение, которое в мелочах не соответствует требованиям ни там, ни там.
