Сравнение нужно делать с некоторой точностью. Получите разность между сравниваемыми значениями и сравнивайте модули с пороговым.
In [8]: a=0.00001-0.99999j; b=-0.00001-1.000001j
In [9]: abs(a-b)
Out[9]: 2.2825424420965077e-05
Вот этот модуль можете сравнить с 1e-4, если меньше, то считаем что числа равны.