Это
задача об упаковке. Она сложная. И ближе даже не к задаче о рюкзаке, а к задаче о мульти-рюкзаке. Для больших размеров файлов и N решения, кроме переборного, нет.
Если N маленькое, то есть быстрые алгоритмы вроде Динамического Программирования. Но там и перебор будет не то, чтобы сильно медленнее.
Если вам не важно получить абсолютно минимально возможное количество папок, то подойдет какое-нибудь жадное решение. Оно даст хорошее приближение. Скажем, вместо 30 идеальных папок вы часто получите 40.
Например, кладите файлы в текущую папку, пока они туда помещаются. Потом создавайте следующую папку. Заполняйте ее, пока размер папки + размер следующего файла <= 2Mb.
Можно всякие эвристики сюда навешивать: например, отсортиовали файлы по размеру. Жадно пихаем самые большие файлы, пока помещается. Потом жадно пихаем самые маленькие. Потом начинаем новую папку.