Неправильно мыслишь.
1. если большое дерево то это будет очень, очень очень долго.
2. Кто мешает тебе совместить все это собрав в потоке архив и распаковать его на той стороне.
И так делаем в 1 потоке:
Архивируем | копируем | распраковываем > ложим. и да в примере архива не будет ни на той стороне ни на той, он будет только в канале
tar cvfz - --directory /var/www/3dpaneli.ru/web . |ssh root@89.207.93.148cd /tmp/test/aa;tar xvfz -"
Все плюсы как пофайлового копирования так и плюсы 1 поточного копирования присутствуют
4. Кто мешает тебе работаь через вебдав он https
5. csync rsync и тд