Маловероятно:
1. Вирус должен быть написан под конкретный МК
2. Вирус этот должен как-то включать в себя оригинальную прошивку, чтобы не нарушить видимость корректной работы девайса.
3. Вирус должен как-то обойти защиту девайса. Очень многие производители шифруют прошивку и подписывают её для контроля целостности - просто взять и перепрошить не выйдет, тк левую прошивку загрузчик откажется загружать.
Для перепрошивки загрузчика нужен будет программатор, но есть ещё п4
4. Вирус должен уметь обходить аппаратную защиту девайса.
Опять же к п3 производитель может добавить какой-нибудь второй простой чип рядом с основным МК, который будет требовать подачи определенных сигналов на определённые выводы раз в N времени, иначе - выключение на уровне питания.
Так что лучше бы указать, откуда вообще вопрос родился:
1. Если это академический интерес, то ответ "да" так как МК - это по сути тоже компьютер.
2. Если вопрос относительно конкретного устройства, которое подозревается в заражении - на вопрос можно ответить, только если укажешь, что это за устройство и его модель.