Как сказал none7, в конфиге прописываешь и os prober сохраняется. Чтобы убедиться, при update-grub должна высвечиваться винда после линуксов.
Если память не изменяет, достаточно иметь два разных раздела под efi, и в /etc/fstab проверить, чтобы монтировался нужный /boot, тогда виндовый загрузчик точно не перезапишется, и его можно будет выбрать через биос.
Ну и его легко восстановить через diskpart и bcdboot, если только он пострадал.