Таки вам надо запретить запуск или запретить хранение исполняемых файлов в общей папке?
Если нужен запрет хранения, то:
В Windows Server у серверной роли File Server есть компонент "File Server Resource Manager". Он позволяет, кроме прочего, задать типы файлов, которые запрещено хранить в общих папках. Если у вас не Windows Server - тогда второй вариант, как уже писали: задача по расписанию, которая выполняет очистку общей папки.
P.S. ограничение можно обойти, если поменять расширение файла с exe на что-то другое
Если надо запретить запуск - это делается через групповые политики и Software Restriction Policies
Если нужны оба запрета - применяете оба механизма