Например так:
(В переменной $order должен лежать объект заказа)
$orderCouponList=[];
$usedDiscountsList = \Bitrix\Sale\Helpers\Admin\OrderEdit::getOrderedDiscounts($order, false);
foreach ($usedDiscountsList["COUPON_LIST"] as $used_coupon){
$orderCouponList[]=(int)$used_coupon["ID"];
}
\Bitrix\Sale\Internals\OrderCouponsTable::clearList($orderCouponList);