Вопрос немного переформулирован, теперь он звучит так:
Можно ли заряжать автомобильный аккумулятор зарядным устройством через подключенный диод Шоттки и как это отразится на ЗУ кроме потери части энергии?
На ЗУ это не отразится никак, ему пофик, что и через что от него заряжается. Кроме потери части энергии, уходящей на нагрев диода, на диоде потеряется часть выходного напряжения ЗУ. Т.е. при заряде от фиксированного напряжения (такое тоже случается) аккум получит на Uпр меньше. Для примера: если ЗУ настроено выдавать 12 вольт, а прямое напряжение на диоде - 0,2 вольт, то аккум зарядится до 11,8.
Вообще-то тут есть одна хитрость, связанная с нелинейностью ВАХ диода, но с этим я предлагаю вам разобраться самостоятельно, поскольку в вопросе об этом не спрошено.