VDS - это виртуальный сервер. считай что это отдельный ПК,
Хостер к нему отношение имеет только в плане его работоспособности.
То что ты на него ставишь \ делаешь - лично твоя задача \ проблема.
заходи по ssh и разбирайся что там не запустилось \ сломалось.
ftp скорее всего доступен тоже через ssh - с помощью sFTP
чтоб там был phpMyAdmin, надо что его на сервер ктото установил...