Я не знаток тонкостей устройства современных МК, но предполагаю, что встроенный АЦП умеет измерять только положительные значения. Отрицательные (т.е. то, что ниже минуса питания) приведут скорее всего к ошибке выхода за пределы разрядной сетки. Это первое моё предположение.
Второе предположение - это то, что источник сигнала (судя по схеме - какая-то индуктивность) создаёт сигнал в виде переменного напряжения, т.е. как выше нуля (средней точки питания), так и ниже.
Если эти предположения верны, то мой ответ таков: так, как нарисовано на схеме, измерять нельзя, потому что отрицательная часть сигнала не будет измерена. Чтобы АЦП смог оцифровать весь сигнал, надо его отрицательный вход (т.е. минус питания МК) соединить не со средней точкой, а с минусом питания в измеряемой схеме. Конечно, в таком подключении могут возникнуть проблемы с масштабированием сигнала (т.е. если он мал, то он затеряется на фоне напряжения питания). Это отдельная задача, выходящая за рамки здешнего вопроса, решить которую можно несколькими разными способами.