Видимое - редактором. Inkscape, например.
Невидимое, если оно не-графическое, теоретически должен отсеять виртуальный принтер в PDF.
Если, конечно, он не поленится и не отправит на печать исходник, не жуя.
Но вообще-то в PDF могут быть зашиты не только личные данные, но и скрипты, например. Да и некоторые механизмы защиты там вроде бы предусмотрены... признаться, копаться нужды не было, точнее сказать не могу.