С помощью, например, OpenSSL формируете запрос на Ubuntu и сохраняете в csr-файл. Далее, csr-файл копируете на Windows CA и отправляете (submit) запрос (через GUI или certutil), получаете сертификат. Полученный сертификат копируете обратно на Ubuntu и конвертируете, если надо, в pem